在清朝历史上有一件非常著名的谜案，那就是太后下嫁之谜。事件的主角是清初两位鼎鼎大名的人物：孝庄太后和多尔衮。
孝庄太后是清朝历史上最出名的两位女政治家之一（另一位是慈禧太后）。她一生经历三朝，培养和辅佐了顺治、康熙两位皇帝。孝庄是清朝开国皇帝皇太极的妃子。皇太极去世后，孝庄的儿子福临被拥立为帝，即顺治皇帝。孝庄母凭子贵被尊为皇太后。
多尔衮是清太祖努尔哈赤的第十四子，清太宗皇太极的弟弟。多尔衮一生功勋显赫，清朝之所以能够成功定鼎中原，多尔衮居功至伟。清朝定都北京后，多尔衮先后被封为叔父摄政王、皇叔父摄政王、皇父摄政王。
孝庄和多尔衮的关系，从国事上来说是君臣，从家事上来说是叔嫂。但有不少非官方史料上显示，他们之间很可能还存在另外一种关系，那就是夫妻。这究竟是怎么一回事呢？
皇太极去世的时候，并没有指定皇位继承人，所以皇帝宝座就引来了各方势力的激烈争夺，其中最主要的人物就是多尔衮和皇太极的长子豪格。正当两派势力争得你死我活的时候，多尔衮突然决定放弃皇位争夺，改为拥立皇太极的第九子福临继承皇位。这样一来，许多原本支持豪格的朝廷大臣也改变了他们的想法，支持多尔衮的建议。就这样，年仅六岁的福临成了大清国的新任皇帝。豪格在争夺帝位失败后，迅速失去了支持。而多尔衮因拥立之功，被封为辅政王，势力较之前更为庞大。
福临继承皇位，成了顺治皇帝，他的母亲庄妃也因此晋封为皇太后。孝庄太后是个极聪明的女人，她深知如果想要让自己的儿子坐稳皇帝宝座，那必然要有一个强有力的后盾，而这个后盾的最佳人选自然就是当时如日中天的多尔衮。为了笼络多尔衮，孝庄太后和顺治皇帝不断给多尔衮加封各种独有的尊荣，就是上文中提到过的叔父摄政王、皇叔父摄政王、皇父摄政王。前两个摄政王的封号还容易理解，毕竟多尔衮本来就是顺治皇帝的叔父，可是最后一个皇父摄政王的封号，就有点意味深长了。中国古代的皇子都称皇帝为父皇，意思就是父亲是皇帝。那么顺治帝称多尔衮为皇父，意思不就是皇帝的父亲吗？两人的关系明明是叔侄，却要以皇父相称，除了讨好之外，不免让人产生联想：孝庄和多尔衮是什么关系？
明朝遗臣张煌言在他的著作《建夷宫词》中写道：“上寿觞为合而尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨日新仪注，太礼恭逢太后婚”，明确指出孝庄太后下嫁给了多尔衮。不过，考虑到张煌言是明朝人，有故意抹黑清朝皇室的嫌疑，所以他的这首《建夷宫词》只能当作旁证。
真正让人值得起疑的地方是在多尔衮去世后，遭到了顺治皇帝的清算，其中有一条罪状是“亲到皇宫内院”。众所周知，皇帝的后宫是非常私密的地方，能进入到里面的男人只有皇帝一人（太监除外），连成年的皇子也不能例外。但多尔衮却能大摇大摆的进入后宫，他进去干什么呢？此外，在《清世祖实录》中提到过“睿王（多尔衮）摄政时，皇太后与朕（顺治帝）分宫而居，每经累月，方得一见”。清朝皇帝讲究的是以孝治天下，当时孝庄太后住在慈宁宫，顺治皇帝住在乾清宫，两宫相隔并不遥远，为什么要“每经累月，方得一见”呢？结合上面提到的多尔衮“亲到皇宫内院”，是不是可以怀疑当时的慈宁宫已成了孝庄和多尔衮的洞房，所以顺治皇帝不方便过去给母亲请安呢？
孝庄和多尔衮的年龄相近，多尔衮又是个比较贪图女色的人。孝庄为了能笼络住多尔衮，除了不断的给他封号和赏赐外，把自己“献身”给多尔衮也是极有可能的。
此外，在孝庄去世后，对她极为尊敬的康熙皇帝没有安排将孝庄的遗体运到盛京（今沈阳）的昭陵与皇太极合葬，而是将她的梓宫（棺材）停放在清东陵陵区之外，连地宫都没给修建。康熙对孝庄非常孝顺，所以不存在故意怠慢的可能，唯一能说得通的理由就是孝庄当年和多尔衮有过非比寻常的关系，康熙不知道该如何就此事向列祖列宗交代，所以只能委屈孝庄太皇太后了！