在中国众多的古文化遗址中，三星堆和金沙遗址并不比它们更神秘，“超自然”，并能引起广泛关注。三星堆和兵马俑是中国考古学在世界上的两个代表性标志。
谜团一 文化的起源
三星堆的发现把古蜀的历史推到了5000年前。然而，这里大量的青铜人物和动物并不属于中原地区的任何一种青铜器。
青铜器上没有留下文字。出土的“三星堆人”鼻子高，眼睛深，颧骨面突出，嘴宽耳大，耳洞。他们是本地人、古人、土著还是移民？甚至是激进研究者认为的“外星人”？它们只是一个富有想象力的古老民族的产物吗？
谜团二 奇特的文物
三星堆和金沙遗址出土的青铜器多为祭祀用品，隐约可见玛雅文化和古埃及文化的影子。有专家认为，这说明三星堆曾经是世界的朝圣中心，但在交通极其不便的古代，“朝圣”可行吗？目的是甚麽？
三星堆出土了5000多个贝壳。他们被确认来自印度洋。是给平波娱乐城的钱还是供品？而且它出土了很多象牙，有的是统一摆放的，有的只是取了象牙的尖端。意义何在？现在四川盆地已经没有大象了。这些象牙来自哪里？
谜团三 古都的迁徙
古蜀国的消失是神秘的，中间留下了两千多年的空白期。目前所有关于古蜀国灭亡的说法还停留在“假设”的层面：
洪水——三星堆遗址北面临鸭河，马木河穿城而过，但考古人员尚未在遗址中发现洪水留下的泥沙；——号战遗址发现的器物，大部分都被提前销毁或烧毁，但经过对器物的精确测量，发现其年代相差数百年；迁徙——是什么促使这个古老的王国开始如此大规模的迁徙；自然灾害——古蜀，自然条件好，发生大规模自然灾害的几率不大。
谜团四 金杖的图案
三星堆出土了世界上最早的黄金权杖，基本上已经被学术界公认为“权杖”。但上面刻的鱼、箭等图案是文字还是图画，尚无定论。
一个民族的文明必备要素，三星堆都有，除了文字。“文字论”派的专家一直试图破译，而“图画论”派的专家则认为这些单一存在的图案没有文字和研究价值。谁对谁错？
谜团五 神秘的裸人
这是金沙遗址最有特色的文物之一。目前已经出土了12尊造型相似的雕像。表演基本都是绑裸男跪地。
大多雕刻精美，人物面部表情也很丰富。有的与石蛇合葬，有的则与石虎、石璧有规律地摆放在一起，都表明是特殊的祭祀用品。
然而奇怪的发型，被绑的手，裸露的影像，都让人百思不得其解。在中原的古遗址中，如殷墟，不时有跪玉像出土。这些跪着的玉像都披着衣服，可见其地位之高贵。像金沙石像这样的裸体，在中原文明中从未发现过。他们从哪里来？他们的宗族是什么？石头的用途是什么？
谜团六 金蛙是禺强？
在金沙遗址，出土了一种独特的金蛙形器物。在中国古代神话传说中，青蛙是生殖崇拜和月亮崇拜的代表。中国古代文献中有很多关于月中蟾蜍的记载。同时，祭祀青蛙求雨也是一种古老的祭祀习俗。
这类金器是金沙遗址特有的，有学者推测，这类器皿很可能是与金沙“太阳神鸟”的金饰结合，附着在漆器上使用的。其构成为“太阳神鸟”金饰，位于漆器中央，周围有等距放射状或旋转的金蛙形器。
也有专家认为，金沙的金蛙从口形上看不像青蛙的嘴像鸟的嘴，而且有螺旋状的翅膀，所以很有可能也来自鸟形。有人甚至推测他们马
如果说金沙遗址的发现是中国考古界在本世纪初收到的一份礼物，那么三星堆已经积累了70年考古发掘的成果。
然而，十几次大规模的发掘却发掘出了8000多平方米的面积，这在12平方公里的文保范围内是小得可怜的。那些未被发现的地层里藏着多少秘密？